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【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件
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GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。先来观察下GSEA需要的gmt文件格式( h.all.v7.0.symbols.gmt )：假如有这么一列基因 这样自定义的gmt文件就做好了，下一步就可以愉快的进行GSEA/GSVA/ssGSEA分析喽。参考链接：制作自己的gene set文件给gsea软件
先来观察下GSEA需要的gmt文件格式( h.all.v7.0.symbols.gmt )：共有3列信息：第1列：基因集名称（geneset names）第2列：基因集的URL，(备注：没有URL，直接写“NA”)第3列：基因集包含的基因 假如有这么一列基因 这样自定义的gmt文件就做好了，下一步就可以愉快的进行GSEA/GSVA/ssGSEA分析...