Autodock分子对接完结&总结

第一步：准备分子PDB文件。小分子使用chemdraw软件画图，保存为.sdf格式，再用chemdraw3D调整至.pdb格式。大分子下载自rcsb网站，去除溶剂和小分子。第二步：将PDB文件转换为PDBQT格式。通过AutoDockTools-1.5.6软件，完成氢原子添加、电荷计算、原子类型设置和输出。第三步：创建GLG文件。使用PDBQT文件进...

AutoDock是用于分子对接的强大工具，以下是关于AutoDock进行分子对接的关键步骤和要点的整理：软件准备：从官方下载AutoDock：autodock.scripps.edu/downloads/autodockregistration/autodock42downloadpage/下载mgltools：mgltools.scripps.edu/downloads选择对接体系：在PDB数据库中搜索并筛选合适的复合物，如...

我们需要在对蛋白和小分子的PDB文件预处理，生成PDBQT文件同时包含以上信息和PDB文件中的原子坐标信息。进一步地对于“柔性配体docking”，我们还需要定义配体的柔性部分和刚性部分。所有这些都可以通过软件AutoDock Tools (adt)来完成。

Autodock分子对接过程分为蛋白和小分子预处理、正式对接、结果分析及注意事项四个步骤。首先，预处理是关键。小分子预处理需从ZINC或TCMSP获取mol2格式，用pymol转换为pdb，进行氢化、电荷计算并指定为对接分子，最后导出pdbqt格式。大分子预处理涉及下载PDB结构，剔除无关分子，用相同方式处理后生成pdbqt，清...

1、软件下载：获取并安装AutoDock Vina。2、蛋白及小分子准备：提取纯净蛋白单体结构。3、分子对接：设置对接盒子，选择小分子进行对接，保存对接盒子为gpf文件。4、运行对接盒子：使用autogrid工具进行预处理，然后运行对接。5、设置对接参数：使用LamarkianGA参数进行对接。6、对接结果分析：使用AutoDock软件...

将配体保存为包含原子信息的ligand.pdbqt文件，关闭MGLTools。再次打开MGLTools，用WT.pdb加载受体，保存为WT.pdbqt，同时设置对接区域（格点间距设为1）。编辑config.txt，保存盒子信息，确保Autodock vina路径已添加到环境变量。在工作目录下准备好WT.pdbqt，ligand.pdbqt和config.txt，运行vina命令开始对接...

首先，需要安装两个软件：AutoDock Vina和MGLTools。安装路径应为纯英文路径，以方便后续操作。接下来，准备一个纯英文路径下的文件夹，并将vina.exe、vina_license.rtf、vina_split.exe、adt.bat文件以及需要对接的receptor和ligand的pdb文件复制到该文件夹中。确保文件位于同一路径下，便于操作。接着，...

以CDK2（PDB ID：1E1X）为例，导入PyMOL并设置AutoDock/Vina Plugin。在“Grid Settings”中，依据配体位置设定对接盒子。在“Receptor”和“Ligands”选项卡中，分别准备受体和配体，设定柔性残基和保留的Poses数量。最后，在“Docking”选项中，选择AutoDock或Vina执行对接，查看并分析计算结果，如结合能...

打开AutoDockTools或相关可视化程序。导入受体与配体。设置对接的盒子大小、坐标、格点数及隔点距离。生成protein_ligand.gpf网格文件。进行分子对接：在AutoDockTools中设置对接受体与对接配体。选择拉马克遗传算法作为对接算法。保存对接设置文件为protein_ligand.dpf。运行AutoDock进行对接计算。查看对接结果：加载...