分析miRNA的数据库都有哪些

miRbase：microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。

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【答案】：micr0RNA序列数据库。是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。

在NCBI主页输入要查找的miRNA的名称，all database中选择GENE；在搜索结果中选择目的miRNA，在NCBI reference sequences（RefSeq）栏中点击目的miRNA的ID号即转到序列，还可以通过链接到UCSC、miRBase查找

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）

如何在数据库里面找到疾病相关的microrna表达情况：好像还没有这样的数据库。癌症比较复杂，microRNA在癌症中的表达谱差别比较大，各阶段、各类型、甚至个体之间也有差别，结论也不完全统一。可以查一下最近microRNA相关的综述,可能会有比较全的介绍 ...

当然，如果你需要对大量数据进行批量处理，miRWalk还提供了数据库下载选项，允许您在本地进行预测分析，特别适合处理3UTR区域的miRNA靶位点。但请记住，这需要一定的编程技能来解析和筛选数据。不过，miRWalk的魅力在于它激发了科研人员的创新热情，更多高级分析策略等待着您的发掘和应用。总之，miRWalk是miRNA...

miRNA的发现与飞跃 1993年，Ambros和Ruvkun在秀丽隐杆线虫中发现了lin-4基因，其表达的22nt小RNA影响了发育过程，但当时并未被广泛接受。转折点出现在2000年，let-7的发现推动了miRNA研究的热潮，2001年，microRNA这一术语被正式提出，miRBase数据库中的miRNA种类迅速增长，标志着microRNA研究的崭新篇章。...

通过分析数以百万计的TFBSs，我们鉴定了数以万计的TF-lncRNA和TF-miRNA调控关系。此外，开发了两个基于网络的服务器以从ChIP-Seq数据中注释和发现lncRNAs和miRNAs的转录调控关系。另外，我们开发了两个基因组浏览器deepView和genomeView，以提供多维数据的整合查看。而且，我们的网络实现支持不同的查询类型...

随后，通过使用TCGA数据库中的数据，分析上述miRNA在甲状腺乳头状癌中的表达和预后价值。3、预测和分析PTC中上述miRNA下游的靶基因，通过上述的表达分析和预后分析，符合筛选要求的只有miR-605-5p和miR-876-3p两个miRNA。接着，我们使用综合性靶基因预测数据库miRNet，预测这两个miRNA下游的靶基因。通过蛋白...

但是lncrna是刚处于研究的起始阶段，其功能机制都不太明确，现有研究只能说明lncrna具有多种功能，因此如果你做lncrna可做的东西非常多，加上lncrna功能复杂因此更具有研究前景。个人觉得lncrna更有研究前景，mirna序列段作用单一（通过序列互补靶向靶基因降解或者抑制靶基因）各种mirna数据库以及针对mirna靶基因...