如何通基因的ID获得它们的gene ontology分析报告

1、首先在NCBI网站上打开gene数据库，输入要查询的基因的名称或ID，点击搜索按钮。2、其次找到要查询的基因，点击该基因的名称或ID，进入该基因的详细信息页面。3、最后在该基因的详细信息页面中，找到“GeneOntology”部分，其中包含了该基因所属的go通路信息。其中包括该通路的名称、ID、描述、相关基因...

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确认筛选出的DEGs后，记录基因名称或基因ID，随后访问https://www.geneontology.org/。在搜索框中，输入记录的基因名称或ID，系统提供三种注释选项：分子功能（MF）、细胞成分（CC）与生物过程（BP）。点击提交按钮。页面下拉后，将显示BP相关的基因注释结果，点击导出按钮获取。使用excel打开导出文件，继续...

进入分析流程，第一步完成数据上传与初步验证后，点击界面红框指示的选项。随后，进入特定分析界面。若仅需进行GO分析，清除其他选项。接着，下载生成的文件，并使用Excel进行后续处理。对p值进行负对数转换，通过输入公式"等于-log( p value)"来实现，操作后转换格式为文本形式，去除波浪号及之前内容。在...

GO包含分子功能、生物学途径和细胞组件三层结构。其大部分数据以平板文件形式提供，包括文本文件和OBO格式的文件，以及XML文件。这些文件每月更新一次，并提供更新报告。GO资源免费提供，但使用时需引用相关文献，如Gene Ontology: tool for the unification of biology。

一、基因集查找与下载途径 1. GO (geneontology.org)：关注功能基因集，数量多，更新速度适中。2. KEGG (kegg.jp/kegg/pathway.html)：同样关注功能基因集，数量丰富，更新速度适中。3. GSEA/MSigDB (gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/)：聚焦功能基因集，数量庞大，更新速度快。4. GeneCards (path...

MapMan 通过收集现有研究，构建基因间的关系网络，将基因根据功能、代谢途径等分组展示。其主要模块包括 Overview、初级代谢、次级代谢、激素响应等，每个模块下还有更详细的细分。MapMan 的准确性建立在 Gene Ontology 的基础上。使用 MapMan 分析步骤如下：准备文本文件：需要准备基因ID和对应的检测值，...

1.1 准备输入数据 待分析的数据就是一串基因名称了，可以是ensembl id、entrze id或者symbol id等类型都可以。把基因名称以一列的形式排开，放在一个文本文件中（例如命名“gene.txt”）。Excel中查看，就是如下示例这种样式。1.3 GO富集分析 加载了注释库之后，读取基因列表文件，并使用clus...

Gene Ontology（基因本体）用于描述基因功能的类，分为分子功能、生物过程和细胞组分三类。KEGG则是一个整合基因组、生物学途径、疾病、药物和生物化学物质信息的数据库，包含基因与基因产物、分子间相互作用和网络。富集分析主要有四类方法，通常涉及基因数量、通路基因数量、兴趣基因数量等参数计算。使用...

进行差异表达分析后，我们获得的是对照组与实验组中差异表达的基因，表明改变的条件对这些基因的表达产生了影响。然而，我们更希望深入了解这些变化对特定生物学功能或通路的影响。这时，就需要进行GO分析（Gene Ontology analysis）。GO分析是一种功能富集分析方法，它通过将基因分类到一系列相关功能中，帮助...