怎样找到菌的相似序列,怎样做细菌系统发育树?

找相似序列一般通过NCBI网站上的BLAST搜索就可以了,您所提交的序列应该为Fasta格式:>nameaattccggaattccgg关于系统发育树的构建:多序列比对建议用ClustalX建NJ或MP树,用MEGA就可以了,非常方便若要建ML树推荐用phyML建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC如果不是专业建树的话,MEGA足够用了,建议参考下面这篇文章...

得到序列，到ncbi网站上去比对，获得相似细菌的序列，用mage软件进行构建就可以了

有很多方法，可以下载软件也可以在线构建。在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比，结果中有一种就是系统发育树，但里面残余对比的序列太多，逆序挑选一下。软件有很多，比较简单的是DNAstar中的Megalin，但结果比较粗。推荐用Clustal X软件进行同源性比对后，运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并...

第一步：点击下方的 Blast 第二步：选择 nucleotide blast，即核酸比对。第三步：出现下面页面，在框框里输入你的序列，下面有选项（老鼠的，人的，其他的），根据情况自己选择一个。第四步：点击最下方的BLAT，就开始比对了。第五步：大概等几分钟后会出现一下比对结果，以及最相近的菌株。

也没有alignment功能，要额外下一个clustal软件，使用很不方便，但它可以做ML法的计算。软件使用看下网上教程即可。哦，提醒一句，这活做好了可不轻松，这事儿不能说太细。有人曾委托我们实验室帮他们做了个细菌的16s序列的系统发育树，付了万把块钱，这点钱还嫌少了，忒烦。

当然，你还需要找一个属外菌类的16s rDNA 做一个进化树构建的control，所以，你在做进化树之前，一定要先读相关paper，看看以前的paper是拿什么做control的。我的建议是，16S rDNA的分类技术在菌种鉴定方面的研究比较成熟，可以省去形态鉴定。具体在细菌定种方面，如果你的实验样本不是太多（应该不会超过...

把序列查出来，然后用 Clustal_X ，BioEdit ，MEGA 4 分别处理一下 就可以做出来了 可以去网上看一下软件怎么使用

系统发育树的构建步骤如下：1、数据准备：基因的核苷酸序列，SNP位点，蛋白的氨基酸。2、多序列比对：常用的软件包括MEGA，Clustal X，Muscle，Phylip。MEGA：是最常用的比对建树软件，优点是可视化图形界面，操作方便简单；但是比对速度慢，输出格式单一Clustal X：优点是图形界面，可输出多种格式（如phy），...

1． 准备序列文件 准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。核酸序列：>sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列：>sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2． 多序列比对 打开MEGA 5，...