转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

我们之前提到metascape可以做到： 转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具 ，除此之外，之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果： 复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图 。

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富集分析在转录组学研究中扮演着关键角色，其核心概念在于评估特定基因集与已知生物学功能、过程或通路间的显著关联。通过这一分析，研究人员可以深入了解基因在不同生物学背景下所体现的重要性及其潜在功能。富集分析方法主要包括基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析及基因集富集分析...

总结转录组生信分析工具与平台为生命科学研究者提供了从数据获取到结果解读的完整解决方案，显著提高了研究效率与成果质量。cBioPortal作为一款经过专业认可的综合性平台，结合GEO、TCGA、GTEx等数据库资源，为探索基因表达、疾病机制与个性化治疗提供了强大支持。掌握这些工具与平台的应用，将极大地促进科研进展与...

在技术原理方面，Gel Beads（凝胶微珠）在转录组测序中用于捕获细胞中的mRNA。每个微珠表面携带有几十万个Oligo序列，用于标记获取的mRNA，实现细胞的单细胞水平分析。捕获和建库过程包括细胞裂解、Gel Beads释放引物序列，与mRNA进行逆转录，生成带有10x Barcode和UMI信息的cDNA，然后进行PCR扩增和酶切片段化...

KEGG通路由五位数字标识，后跟map、ko、ec、rn和生物代码等，代表通路类型。KEGG数据库内的通路不是孤立的，而是相互联系的，通路之间往往有重叠或交错的关系。在转录组、表观组研究中，通常关注map编号和ko编号。KEGG数据库的富集分析结果文件包括KEGG注释结果和富集分析结果。KEGG注释结果文件根据基因比对...