UCSC tcga

2、UCSC Genome Browser UCSC Genome Browser提供了浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与该部分有关的基因组注释信息。五、综合性肿瘤数据库 针对肿瘤的生物信息学数据库关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱、治疗、诊断和预后信息等。1、OncoKB OncoKB是由MSKCC维护的精准医疗肿瘤数据库。2、...

在UCSC xene网站上，通过点击Launch Xena进入数据下载页面，选择上方的DATA STES进入数据集页面。在数据集页面中，可以找到GTEx数据库的界面，点击GTEX进入数据下载页面，选择并下载FPKM文件和表型文件。TCGA数据的下载方法与GTEx相似，可以在数下载页面选择GDC TCGA数据库进行下载。下载完成后，需要对GTEx数据...

3. TCGA (1) cBioPortal cbioportal.org/ cBioPortal是一款基于TCGA数据集的综合网络平台，拥有数据挖掘、整合与可视化的功能。(2) GEPIA gepia.cancer-pku.cn GEPIA整合了TCGA和GTEx数据库的9736个肿瘤组织和8587个正常组织的RNA测序数据，提供基因表达分析、基因相关性分析、生存分析等功能。4. UCSC gen...

本文详细介绍了如何在TCGA数据库更新后下载数据，包括三种主要下载方法：官方工具gdc-client、R语言TCGA biolinks包和UCSC xena浏览器。更新后的数据库虽然增加了新项目，但对RNAseq数据影响不大，主要变化在于临床数据更新，尤其是随访数据。下载时可能需要对RNAseq合并代码进行调整，以适应STAR工具的改变。以...

进行差异分析的基本要素是表达矩阵和分组信息。虽然最初我们可能用到的是FPKM值，但DESeq2、edgeR和limma更推荐使用Counts（即原始计数数据）进行分析，因为它们能更好地处理技术变异性和测序深度差异。可以从UCSC Xena获取BRCA的Counts数据，具体步骤已在另一篇文章中详述。分组信息对于TCGA数据来说，可以从...

DNMT2的新名字是TRDMT1；NSUN1的新名字是NOP2。分析人员使用旧名字搜索，发现TCGA里边没有这两个名字，误以为没有表达。此陷阱影响面较大，遇到只给一列gene symbol的数据时，需要查询名字是否滞后。陷阱3：Excel可能改变基因名。在处理非真正Excel格式文件时，需要确保为正确的Excel格式。常见基因名可能...

在进行科研时，关于使用hg19还是hg38基因组的抉择是一个常见的问题。目前，hg38已经成为UCSC、TCGA、Ensembl等主流数据库的默认标准，因此，推荐选择hg38作为研究基础。当你的数据或文献版本不一致时，如hg19数据与hg38文献，可以借助UCSC提供的工具liftover进行转换。liftover的功能是将不同基因组版本之间的...

包括表达临床等）完善整理：GDAC Cancer BrowsercBioportal其整理完整靠GDAC由美MITHarvard共建Broadinstitute运行UCSC运行着Cancer Browser Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立提供较完善TCGA数据基础各类信息检索服务

面对肿瘤治疗，从传统化疗到靶向治疗的转变，生物信息学数据库扮演了关键角色。这些数据库如TCGA、ICGC、COSMIC等，提供了丰富的基因组、转录组和表观遗传数据，帮助我们理解癌症的发生机制，优化治疗策略。以下是几个重要的数据库及其内容概要：TCGA美国国立癌症研究所和国家人类基因组研究所支持的项目，关注...

2. 利用UALCAN数据库分析目标基因在乳腺癌患者中的mRNA和蛋白水平表达。3. 通过bc-gene expression miner数据库分析目标基因与乳腺癌患者临床指标的关系。4. 使用KM-plotter数据库分析目标基因与乳腺癌患者生存预后的相关性。5. 通过GEPIA2数据库探索目标基因与其他相关基因的共表达关系。6. 利用UCSC Xena...