cbioportal生存分析

在学习如何从cBioPortal下载数据时，重点是获取基因表达谱数据和临床数据。基因表达谱数据可以展示特定基因在特定癌种中的表达情况，如在甲状腺癌中的UEB2C基因表达谱；而临床数据包括患者年龄、性别、生存时间、种族等信息。整合这两类数据是进行生存分析、预后分析等生信分析的基础。cBioPortal数据库提供两种下...

此外，cBioportal的生存分析模块显示，KRAS突变与患者的生存率降低相关，尽管统计学上尚未达到显著性。而Pathways模块则提供了与KRAS共同突变频率较高的基因，有助于揭示KRAS突变对胰腺腺癌（PAAD）进展的影响。通过掌握cBioportal的这些核心功能，结合之前介绍的GEPIA的泛癌分析和TIMER的单基因转录本分析，研究者...

cBioPortal是一个综合癌症数据分析数据库，提供数据查询、展示、分析与下载服务。它收录体细胞突变、DNA拷贝数变异、基因表达、DNA甲基化、蛋白质丰度和临床数据等。用户可通过四步查询，对基因表达数据进行热图展示、与其他数据关联分析、基于临床信息的样本比较、基因间表达相关性分析。GEPIA是一个基因表达数据...

该数据库能够探索多维度的癌症基因集数据，并支持可视化分析，例如比较不同样本间的基因改变模式、多癌症研究中基因改变频率的比较以及一个个体肿瘤样本内的所有基因组改变的总结。cBioPortal还提供了生物途径探索、生存分析、基因改变间独特性分析、数据下载、编程接口和发表的可视化总结功能。cBioPortal整合了包括...

操作与应用使用cBioPortal进行数据分析时，首先访问其官网（cbioportal.org/），选择研究对象、下载所需数据集、进行基因或通路分析，并利用丰富的可视化功能解读结果。平台支持的分析类型包括但不限于基因变异互斥分析、多组学相关性分析、生存分析等，为科研工作提供了强大的数据挖掘与分析能力。总结转录组生信...

可用于进行生存分析、ROC 分析、logistic 回归等生物信息分析。另外，如果你选择第二种方法，可下载与某个癌种相关的所有基因表达数据，数据下载后需要进一步筛选目标基因。在 cBioPortal 数据库中，通过两个不同的方法下载基因表达谱数据和临床数据，将它们整合到一起，为后续的生物信息分析奠定基础。

1. 基因改变信息分析 cBioPortal工具显示，HSPA5基因变异具有显著多样性和频率，不同肿瘤的突变率各异，揭示了HSPA5在多种癌症中的复杂作用。特定TCGA肿瘤中的HSPA5基因突变表明，基因变异在癌症发展中扮演重要角色。2. 基因表达分析 通过对GTEx、HPA和FANTOM5队列的数据进行分析，我们发现HSPA5在不同组织和...

在cBioportal中，用户可以访问TCGA数据，包括基因表达、生存分析、突变、拷贝数、甲基化和临床信息等，以进行多组学交叉分析。以乳腺癌为例，通过平台可以深入探讨E2F基因家族基因突变在乳腺癌中的作用。操作流程包括登陆cBioportal官方网站，选择权威数据库如TCGA，勾选所需数据后进行基因查询。在cBioportal分析中...

方法：作者采用UCSC Xena分析了FBXW家族成员的TCGA泛癌数据，进行Cox和K-M生存分析以评估表达与预后的关系，利用cBioPortal探索突变频率，应用Immuneeconv和ESTIMATE进行免疫细胞浸润和肿瘤微环境分析。结果：研究揭示了FBXW家族成员在细胞反应过程中的功能，包括与蛋白质多聚泛素化、Wnt信号通路、血管生成、DNA...

一个国人开发的TCGA数据库可视化网站，包含全面的TCGA测序数据，能够帮助科研人员可视化肿瘤与癌旁组织的基因表达量。只需输入基因名称或Ensembl ID，点击“GoPIA！”即可进行差异表达基因列表分析、相关性可视化以及生存分析等。还有零代码下载数据的平台：UCSC Xena（xena.ucsc.edu/）集合TCGA和ICGC资源，提供...