cbioportal生存分析

3. 通过仙桃学术，对CARM1基因进行预后分析。具体操作包括：首先，进入仙桃学术高级版，选择表达差异分析模块，设置非配对样本分析，选择泛癌作为疾病类型，输入CARM1基因名称，点击提交，即可得到预后分析结果。4. 完成CARM1基因突变特征分析。通过cBioPortal数据库，访问CARM1基因在TCGA肿瘤样本中的突变频率、...

只要数据采用MAF格式，该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件.使用前要先将文件转换为maf格式,对于VCF格式文件，可以使用 vcf2maf 进行格式转换.maf文件包含的内容：注： 安装过程特别麻烦，按了好几天，R版本要求3.3以上，也不要使用最新版本，可能有的包新版...

研究者利用了一系列数据库和工具，如String、cBioPortal、Oncomine、Kaplan-Meier Plotter等，来实现这一目标。其中，包含差异基因的韦恩图、蛋白互作网络、Kaplan-Meier生存曲线等可视化方法，以及KEGG信号通路分析，都为揭示关键基因和通路提供了有力支持。具体而言，研究者首先通过差异基因的韦恩图和蛋白互作...

分析肿瘤中基因表达水平和免疫细胞的相关性，结果用棒棒糖图展示，或用箱图和散点图表示基因表达水平与免疫细胞丰度的关系。表1：基因与免疫细胞的相关性分析 使用TIMER数据库，输入分子名称，提交后即可得到与免疫细胞纯度和表达的相关性系数和P值。图8：cBioPortal分析基因组改变 进入cBioportal数据库的Quary...

复现任务涉及11张图片和3张表格。以下是复现步骤：复现Figure 1A：通过输入ACE2在GEPIA2网站上查询mRNA表达，得到泛癌中的ACE2 mRNA表达情况。同样地，使用UALCAN网站进行TCGA分析，输入ACE2进行查询，点击explore，然后选择pan-cancer view，即可得到Figure 1A。复现Figure 1B：在GEPIA2网站，使用左侧的...