chip seq测序公司

deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...

重点是不需要抗体，在体外表达转录因子。（这与chip-seq有很大区别）将一个标记的转录因子添加到DNA文库中，让它随机结合DNA，随后再分离出所有配对DNA-蛋白，这种方法叫做DNA亲和纯化测序(DAP-seq)。DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验技术，是研究非模式植物的顺反组的一把利刃 ...

ProgramArguments101 ChIP-Seq 数据挖掘系列文章目录： ChIP-Seq数据挖掘系列-1:Motif 分析(1)-HOMER 安装 ChIP-Seq数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤 ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据...

新手，刚做完一个ChIP-Seq项目的分析，来记录一下，会分好几篇。首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告，根据报告可以看出自己数据的特点，便于之后clean的参数设置。以下是fastqc（v0.11.5）报告的内容说明（以自己的数据为例，经公司粗过滤后的下机数据）有网上搜索到的也有自己的体会：...

注：还没有完全搞明白，先总结一下特点和使用，之后再慢慢体会、总结经验 本次只针对双端PE 算法都没好好读，因为看不懂== 首先，我们对数据进行过滤，是为了：trimmomatic PE模式默认处理2个文件，也就是说，sh脚本中使用本办法只能一次列举R1 R2两个文件，不能 In_R1 In_R2 IP_R1 IP_R...

ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。 CHIRP-Seq( Chromatin Isolation ...

历时13年(1990-2003)耗资30亿美元的人类基因组计划(HGP)毫无疑问加速了基因组组装的进程,NGS衍生了一系列新颖的应用,包括全外显子组测序、RNA-seq、ChIp-seq、WGBS-seq等等,极大的促进了基因组测序的应用。2010年之后,全新的技术开启了第三代测序TGS—长读长测序的时代,长读长测序极大的增加了基因组组装的优势,...

RNA-seq几乎都是双端测序，去除小RNA（数据长度比较短，单端就可以测通）；ChIP-seq 对DNA 进行比对，不存在可变剪切问题，单端数据应该是可以的，一般来说序列长度大于30bp 就可以比较精确度定位到human 基因组了。​ rTn5转座酶是野生型Tn5转座酶的高活性突变体，可以高效的将Tn5转座子插入...

除了bamCoverage，bamCompare也能将bam->bw，并且同时考虑处理和对照，以消除噪声。原文是这样说的： To show ChIP binding signal surrounding TSSs or in gene bodies, read coverage was first calculated using the bamCompare tool (RPKM, Log2(ChIP/IgG) in deepTools.在igv下面看看bed, bam, bw...

2、miRbase 众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。3、ChIPBase 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。4...